Un giovane di nome Robert Olmstead si reca a Innsmouth, una cittadina costiera nel New England, attratto da storie su stranezze del luogo e dalla sua architettura decadente. Arrivato lì, si accorge che la città è in uno stato di degrado avanzato e i suoi abitanti hanno un aspetto fisico inquietante: occhi sporgenti, pelle squamosa e movimenti innaturali. Questi individui sembrano ostili e evitano qualsiasi contatto con i forestieri.
Attraverso varie conversazioni, soprattutto con un vecchio ubriaco del luogo di nome Zadok Allen, Olmstead scopre che gli abitanti di Innsmouth sono legati a una sinistra razza di creature anfibie chiamate "Profondi" o "Abitatori del Profondo", con cui i cittadini avevano stretto un patto. Gli abitanti del villaggio si accoppiavano con queste creature marine, generando discendenti ibridi. Questi ibridi mantengono inizialmente una forma umana, ma con il tempo subiscono una trasformazione completa, assumendo l'aspetto delle creature marine e vivendo per sempre nei mari.
Olmstead cerca di fuggire dalla città dopo aver scoperto la verità, ma viene catturato dagli abitanti. Riesce miracolosamente a scappare e tornare a casa, ma l'orrore non finisce qui. Più tardi, scopre di avere egli stesso legami con Innsmouth: anche lui è discendente degli ibridi. Il racconto termina con il protagonista che abbraccia il suo destino, accettando la futura trasformazione e progettando di unirsi ai suoi antenati nelle profondità marine.
